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O Comitê de Bacia Hidrográfica do Rio Sepotuba foi criado seguindo os parâmetros da Resolução n.º 04/2006, que institui critérios gerais para formação e funcionamento de Comitês de Bacias Hidrográficas no Estado de Mato Grosso.

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Atua como fórum de debate sobre questões afins aos usos múltiplos dos recursos hídricos, sempre entendidos como bens ambientais, sociais e econômicos.

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Conhecido como o Parlamento das Águas, é um órgão colegiado vinculado ao Sistema Estadual de Recursos Hídricos do Estado de Mato Grosso e possui poderes para decidir sobre questões relacionadas ao uso dos recursos hídricos.